9月1日にポーランドが侵略されたことを受けてイギリスとフランスは9月3日にドイツに宣戦布告したが、これはドイツのポーランド侵攻に対して直接兵を送ることをせず、また、ドイツ西部国境を犯すこともせず、人はこれをまやかし戦争と呼んだ。ポーランド人の多くは自分たちが西側同盟諸国に裏切られたのだと感じた。一方ポーランドは同盟諸国に対する自らの義務事項を遵守し国家としては決して降伏せず、フランス（のちにイギリス）に亡命政府（ポーランド亡命政府）を樹立した。このポーランド亡命政府は、1939年以前の政府の法的な継承者で、ポーランドに残された人々による民間の、あるいは軍事的な地下組織（ポーランド秘密国家）と連携した。ドイツ占領下におけるポーランド人は、第二次世界大戦におけるすべてのドイツ占領地域のなかで最も強力で、最もよく組織された抵抗勢力として戦いつづけた。つまり、アメリカとソ連がドイツに対する戦争に加わるまで、ポーランドは自国領が占領されながらも連合国のなかでは3番目に大きな軍事力を保持していたことになる。
ポーランド侵攻は東ヨーロッパにドイツ民族の「生存圏」を確保するというヒトラーの東方植民地化計画 (Generalplan Ost) の最初のステップであった。当時はまだ不完全であったにせよ電撃戦の原型となった戦術は住宅地を破壊し、まもなく民間人と戦闘員の区別がつかなくなった。続いて行われたポーランド占領は第二次世界大戦における最も残忍な出来事となった。
ポーランド総督府統治地域以外のドイツ占領地域は全てドイツ本土に編入（ポーランド領域にはヴァルテラント帝国大管区、ダンチヒ‐西プロイセン帝国大管区の二つの帝国大管区とオーバーシュレジエン大管区が新設された。一部は東プロイセン大管区に編入され、、残部はポーランド総督府が統治した。）され、それらの地域に住んでいたポーランド人の多数が着の身着のまま総督府領へと追放された。一方、ドイツとソ連で交わされた住民交換の約束に従って、バルト海沿岸地方（バルト三国）、ガリツィア、ベッサラビアに住んでいたドイツ人はこれらの地域から立ち退きを強制された。約400,000人のドイツ人がドイツ領に編入されたポーランドに移住させられた。対照的に、戦後はポツダム協定に従って、オーデル・ナイセ線より東に住んでいたドイツ人は連合国によって新しく決められたドイツ領に追放された。ドイツ人はポーランド領に残ることも選択できたが、その場合はポーランドの共産主義政府によって全ての私有財産を没収され、改めてポーランド住民としての承認を受けなければならなかった。戦前にポーランド市民だった約2,700,000人のドイツ人 (Volksdeutsche) はドイツ占領下では「ドイツ民族度」に従って4つのカテゴリーに分けられ、「民族リスト」 (Volksliste) に記載されて取り扱われたが、戦後、この「ドイツ系ポーランド人」のうちポーランドに残った者はポーランドで国家反逆罪に問われ裁判を受けなければならなかった。
ドイツによるポーランド占領中にポーランド人は抵抗組織で活動するとかユダヤ人をかくまうとかいった反ドイツ的行為のほか、許可なく家畜を飼うなどの微罪でも即座に死刑（ほとんどの場合発覚次第その場で銃殺）となり、最終的に600万人のポーランド人（ポーランド全人口の20%）が殺害され、そのうち300万人はアウシュヴィッツなどの絶滅収容所で大量虐殺されたといわれている。
また、1940年の夏にAB行動が行われた。これは前年の1939年8月から10月に行われたタンネンベルク作戦と同じようにして、ドイツ占領下のポーランドでポーランド人の社会的指導層や知識層に属する人々を殺害する作戦であり、結果的にポーランド民族を文化的に無力化することを最終目標とした。これによって約30,000人が逮捕され、そのうちほぼ7,000人が即座に殺害され、残りは各地の強制収容所に送られた。
タンネンベルク作戦もAB行動も、ドイツ新領土からのポーランド人追放とともに、ドイツ東方における民族浄化計画である東方植民地化計画の一環でポーランド民族に対して行われた事件の例である。
一方、1939年から1941年にかけてのソ連によるポーランド占領でも、180万人ものポーランド市民が殺害されるか国外追放された。NKVDによって共産主義体制にとって危険分子であると判断された人々はすべて、ソヴィエト化教育を受けるか、シベリアなどに移住させられるか、労働収容所（グラーク）に収監されるか、または殺害の対象になった。ナチス同様、ソ連側も「反逆分子」に対して情け容赦しなかった。ソ連の支配に反抗するとその人物も含めて家族全員がNKVDに逮捕された。国内で大粛清を推し進めたスターリンはかつてのポーランド・ソビエト戦争の敗北でポーランドへかねてから雪辱を果たす機会を狙っていた。カティンの森事件はポーランド軍将校が虐殺された事件の一つである。ソ連の残虐行為は1944年にポーランドが赤軍によって「解放」された後、再び始まった。戦争の間ロンドン亡命政府の指揮下で抵抗活動を続けてきた国内軍(Armia Krajowa、略称AK)の兵士に対する迫害や、国内軍将校の処刑がソ連によって行われた（モスクワにおける「16人裁判」）。
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